بعد از پایان جنگ جهانی اول و غلبه متفقین خصوصاً انگلستان، با اعمال نفوذ انگلیسی‌ها در ایران وثوق الدوله به قدرت می‌رسد. او ابتدا به میرزا پیشنهاد می‌کند که ضمن تأمین جانی به عتبات برود و قوایش را در اختیار دولت قرار دهد. وثوق الدوله بعد از مخالفت میرزا با این پیشنهاد، تیمورتاش را با بیست هزار قزاق به عنوان والی گیلان فرستاد تا جنگلی‌ها را سرکوب کند. در این ایام بود که حاج احمد کسمایی، که یکی از سران مؤثر جنگل بود خود را تسلیم کرد. میرزا که نمی‌خواست با هموطنانش بجنگد تصمیم گرفت با افرادش به اعماق جنگل عقب‌نشینی کند. در این تعقیب و گریز طولانی، عده‌ای از جنگلی‌ها از پای درآمدند و عده‌ای هم اسیر شدند. به مرور زمان عده‌ای فرار کردند و بخشی هم تسلیم شدند که از جمله آنها دکتر حشمت بود که نیروهای قزاق به امان نامه‌ای که پشت قرآن برای او امضا کرده بودند، وفا نکردند و سرانجام دکتر حشمت در رشت اعدام شد.

قوای دولتی نتوانستند میرزا را دستگیر کنند، لذا جنبش جنگل همچنان به بقای خود ادامه داد. رفته رفته جنگلی‌ها همدیگر را پیدا کردند و دوباره قدرت گرفتند. میرزا با از دست دادن بعضی از دوستان سابقش که اثرات مهمی در قیام او داشتند از جمله دکتر حشمت و حاج احمد کسمایی، اکنون به بعضی دیگر از دوستانش از جمله احسان الله خان و خالو قربان میدان می‌دهد و آنها نیز میرزا را ترغیب به دوستی با اتحاد جماهیر شوروی می‌کنند. میرزا عزم خود را جزم می‌کند که به بادکوبه برود و با انقلابیون آنجا دیدار کند.